Раздоры между ордосами или конклавами, крайне редки, ведь у каждого свои четко определенные сферы интересов. Тем не менее, то же самое не может быть сказано про инквизиторов в конкретном ордосе. Наиболее частыми причинами возникновения разногласий, являются методы, используемые для борьбы с врагами ордоса. Некоторые инквизиторы считают, что с противником нужно бороться только его же оружием, допустим используя колдовство против демонов. По мнению других, такие компромиссы анафема, ведущая к коррупции работы ордоса и приносящая сомнительную выгоду.

Такие разногласия часто представляются как конфликт между радикальными и пуританскими философиями, но они гораздо сложнее. Различие между этими двумя положениями не является абсолютными, а относительными, формируясь исключительно вокруг субъективных мнений наблюдателей. Мало кто из инквизиторов считает себя либо радикалом, либо пуританином, хотя они быстро и легко клеймят этими названиями остальных. Член Ордо Маллеус может быстро осудить коллегу как радикала за использование запрещенного знания подчинения Демона своей воле, не признавая при этом, что другие Ордосы могут рассмотреть его так же, за смелость в обращении к Фолианту запретных знаний, хотя бы и без намерений применять эти знания на практике. Для некоторых членов Ордо Кенос, даже учить инопланетный язык считается опасным, тогда как для других ничего не стоит нанимать Ксеносов в наемники, чтобы бороться с их помощью в войнах. В инквизиции, истина относительна.

Характер инквизиции не подразумевает обращений к высшей власти, когда инквизитор считает, что один из его товарищей отклонился безвозвратно от правильного пути. Если будет собрано достаточно доказательств, они могут быть представлены перед конклавами, и суд отлучит предателя, где бы он ни был. Чаще всего инквизитор пытается взять дело в свои руки. Учитывая затененные различия между необходимостью выбирать меньшее из двух зол, многие инквизиторы охотно вовлекают себя в ссору между своих же собратьев.

Каждое разногласие имеет перспективу посеять семена раздора среди всей инквизиции, и будет лучше для всех, если эти вопросы будут сохранены на уровне личных ссор. Большую часть времени, такие разногласия изживают сами себя или вытесняются подлинными угрозами, но иногда они доходят до прямого конфликта между двумя инквизиторов и их агентами.

Идеологическая борьба между радикалами и пуританами это не битва между правдой и неправдой, добром и злом, такие широкие определения редко можно применить к работе инквизитора. Радикальные методы могут служить спасением для миллионов, так же как широкие взгляды пуритан могут обречь их.

Увы, нет никакого способа, чтобы увидеть результат такого события, пока не произойдет такое событие. Инквизитор может читать Гримуар Малефиков, и может использовать свои знания, чтобы прекратить искажения Варпа, но при этом он рискует открыть душу Хаосу, и стать именно таким, как то, с чем он борется, этого боится каждый инквизитор. Пуританские же методы настаивают на признании таких рисков безрассудными и ненужными, и стремятся сплотится в борьбе, чтобы прекратить искажения Варпа, даже если задержка обречет на гибель дюжину миров. В этом случае, радикальная методика, кажется правильной. Но что, если открыв свой разум Варпу прочитавший Гримуар Малефиков позже будет одержим демоном, тогда возможно он нанесет больше вреда, чем сделали бы искажения? Неудивительно, что большинство инквизиторов придерживаются одного выбранного для себя пути, с уверенностью и верой в правое дело, ведь сомнения могут бросить их на произвол судьбы в этом море штормов, заморозить все их начинания, и задать неправильный курс.