Организация Железных Рук несколько изменилась с момента возвращения их на планету Медуза. Легион был разделен на три отдельных Ордена. Новые Ордены Красных Когтей и Медных Кулаков отделились от своих братьев и основали собственные крепости-монастыри, со временем став еще большими затворниками. Оставшийся Орден сохранил название Легиона и выбрал своей базой Медузу, родину своего Примарха. Организация Ордена сильно отдалилась от стандартов Кодекс Астартес, став отражением организации местных кланов Медузы. Контакты между тремя Орденами стали редкими, а с другими космическими десантниками потомки Легиона вообще не поддерживают отношений. 

В Ордене существует десять Клановых рот, которые исполняют почти те же роли, что и Боевые роты в других Орденах. Однако, если в соответствии с традиционным Кодексом, между ротами существует определенное различие, так, например, десятая рота всегда формируется из скаутов, Орден Железных Рук состоит из десяти практически одинаковых Клановых рот. Роты существуют, как отдельные боеспособные единицы, способные сражаться самостоятельно. Кроме того, как и в обычных кланах, между ротами иногда бывают небольшие столкновения. Эти незначительные стычки только поддерживаются, так как позволяют космическим десантникам становиться более сильными и выносливыми. 

Каждая Клановая рота имеет собственную структуру и отвечает за набор новых рекрутов для космических десантников, с тем, чтобы численность роты никогда не убывала. Новые рекруты набираются из кланов Медузы, и в последствии входят в ту или иную роту. Клановые роты являются кочевыми подразделениями, копируя постоянные странствия кланов, из которых они происходят. Они путешествуют по галактике, продолжая свой бесконечный крестовый поход против слабости и разложения. 

Когда Железные Руки возвращаются на Медузу, они точно так же путешествуют по ее поверхности, набирая новых рекрутов и испытывая свои силы в возвращении к суровым условиям жизни на планете. У Железных Рук нет крепости-монастыря как таковой, так как меняющийся ландшафт быстро уничтожил бы любые укрепления. Вместо этого, каждая Клановая рота имеет собственную мобильную версию крепости, огромного сухопутного бегемота, который постоянно движется по ненадежной поверхности Медузы. Эти полностью автоматизированные станции являют собой настоящее магическое чудо, созданное Адептус Механикус. В моменты отлучки десантников они обслуживаются огромными армиями механических слуг, которые следят за станцией до возвращения хозяев.

Кроме того, на организацию Ордена повлияло стремление Железных Рук как можно быстрее механизировать свое тело. Во время поступления в Орден, новым рекрутам ампутируют левую руку и заменяют ее протезом. Этот ритуал символизирует их связь с Феррусом, а также их согласие с тем, что плоть, по сути, слаба. С этого начинается долгий процесс механизации тела рекрутов, постепенно сводясь к последней стадии, когда все органическое тело заменяется механизмами. Окончательной целью для десантника Железных Рук является помещение его сознания в огромный дредноут - совершенное соединение органической и механической материи. 

Один из самых лучших и старых воинов каждого клана входит в Великий Совет Ордена Железных Рук. Поэтому в Ордене всеобщего командира как такового нет. Они считают это свидетельством своей силы, ведь в Ордене никто не может обладать абсолютной властью и привести к падению, как случалось с некоторыми братьями-десантниками. Великий Совет кланов формируется из числа старейших воинов, дредноутов, над которыми уже не довлеет проклятье слабой плоти. 

Другим отклонением от стандартов Кодекса является полное отсутствие в Ордене капелланов. Вместо них в Ордене присутствуют Железные Отцы, которые одновременно являются и технодесантниками и капелланами. В Железных Отцах проявляется главное стремление Железных Рук лишиться большей части своего органического тела и заменить его механическими частями. Это стремление связывает их с Культом Машины, что, впрочем, не мешает им верить в великую божественность Императора.